Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués aux ministres chargés de l'éducation et du budget au moins quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations portant sur le budget et ses décisions modificatives, le compte financier, les emprunts et les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles sont adressées aux ministres chargés de l'éducation et du budget. Elles sont exécutoires dans les conditions prévues par le décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.
Toutefois, les modifications du budget qui ne comportent pas de variations du montant total du budget primitif, de virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres de personnel et les chapitres de matériel sont prises par le directeur de l'établissement. Ces décisions modificatives provisoires sont exécutoires après accord du membre du corps du contrôle général économique et financier et sont soumises pour ratification au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.