Les modifications ou la prorogation de la convention constitutive, ainsi que la dissolution du groupement avant le terme fixé par cette dernière, font l'objet d'une approbation et d'une publication dans les conditions fixées aux articles R. 423-29 et D. 423-30. Dans ce cas, le commissaire du Gouvernement et le membre du corps du contrôle général économique et financier transmettent leur avis motivé au recteur ou au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt .
Toute demande de prorogation, accompagnée d'un dossier complet, doit être transmise quatre mois au moins avant la date d'expiration de la convention constitutive.A défaut, la demande transmise tardivement est regardée comme tendant à l'approbation de la création d'un nouveau groupement d'intérêt public.