Les fonctions d'agent comptable peuvent être confiées à un agent de la direction générale des finances publiques, du ministère chargé de l'éducation nationale ou du ministère chargé de la mer.

Un même agent comptable peut se voir confier les postes comptables de plusieurs établissements publics locaux d'enseignement.

Dans le cas où la fonction d'agent comptable est confiée à un agent du ministère chargé de l'éducation nationale, le lycée est intégré à un groupement comptable dans les conditions prévues à l'article R. 421-62. Le poste comptable du groupement est créé conformément aux dispositions de l'article R. 421-63. L'agent comptable du groupement est nommé dans les conditions fixées à l'article R. 421-65.

Dans les autres cas, les agents comptables sont nommés par le préfet de région sur proposition de leurs autorités hiérarchiques respectives, après information préalable de la collectivité territoriale de rattachement. Ils prêtent serment dans les conditions fixées à l'article 14-1 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.