Le Haut Comité d'évaluation de la condition militaire dispose d'un secrétariat général permanent dirigé par un secrétaire général, membre du corps militaire du contrôle général des armées, nommé par le ministre de la défense. Le secrétaire général assiste aux séances sans participer aux débats.
Le ministre de la défense peut déléguer sa signature au secrétaire général pour les besoins de fonctionnement du Haut Comité d'évaluation de la condition militaire.