Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur le rapport du ministre de la défense, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. Il est choisi parmi les membres du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes ou du corps de l'inspection générale des finances.

Un suppléant du président du conseil d'administration est nommé par arrêté du ministre de la défense pour une durée de trois ans renouvelable une fois.