Le président du conseil d'administration de l'institut est choisi parmi les personnalités qualifiées membres du conseil. Il est nommé par décret pour une période de trois ans renouvelable deux fois.
Un des représentants du délégué général pour l'armement mentionnés au 1° du I de l'article R. 3411-7 est vice-président du conseil d'administration. Il préside les séances du conseil d'administration en l'absence du président.
Le vice-président et les membres du conseil d'administration autres que ceux qui sont élus ou siégent au titre d'une fonction qu'ils exercent, sont nommés par arrêté du ministre de la défense.