Le directeur général de l'Ecole navale est assisté par un directeur général adjoint, qui le seconde et le supplée.
Il est également assisté par un secrétaire général, chargé de la gestion de l'école, un directeur de la formation, un directeur de la recherche et un directeur du développement et des partenariats.
Il peut déléguer sa signature aux responsables mentionnés aux deux alinéas précédents et aux officiers et agents de catégorie A, dans la limite de leurs attributions.
Les fonctions mentionnées au deuxième alinéa sont précisées par le règlement intérieur général de l'établissement.
Le directeur général adjoint et le directeur de la formation sont des officiers supérieurs du corps des officiers de marine.
Le directeur général adjoint, le secrétaire général et le directeur de la formation sont nommés par arrêté du ministre de la défense.
Le directeur de la recherche et le directeur du développement et des partenariats sont nommés par le directeur général, après avis du conseil d'administration.
Le directeur général adjoint, le secrétaire général, le directeur de la formation, le directeur de la recherche et le directeur du développement et des partenariats sont nommés pour une durée maximale de quatre ans renouvelable une fois.