Les militaires membres du Conseil supérieur de la fonction militaire restent affectés au sein de la formation, de l'organisme ou de l'unité dans lequel ils étaient affectés antérieurement à leur nomination. Ils peuvent solliciter une autre affectation pour raison de service.
Ces membres se consacrent à la concertation. Toutefois, ils peuvent, en accord avec leur force armée ou formation rattachée d'appartenance, être autorisés par le secrétaire général du conseil, afin de maintenir ou renforcer leurs compétences professionnelles, à participer à des activités de formation ou de préparation opérationnelle.
Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire accorde les permissions aux militaires membres de ce conseil.