Les coopératives agricoles qui, à la clôture de l'exercice social, ont un chiffre d'affaires hors taxes qui dépasse 110000 euros sont tenues de désigner au moins un commissaire aux comptes et un suppléant. Il n'y a plus lieu à désignation si, pendant les deux exercices qui précèdent l'expiration du mandat, le chiffre d'affaires n'a pas dépassé 110000 euros.
Le commissariat aux comptes peut être exercé par un commissaire aux comptes inscrit sur la liste prévue à l'article L. 225-219 du code de commerce ou par une fédération de coopératives agricoles, agréée en application de l'article L. 527-1 du code rural.
Le commissaire aux comptes de la coopérative est nommé par l'assemblée générale ordinaire pour six exercices.
Il exerce ses fonctions dans les conditions prévues par le code de commerce.
Il met en oeuvre la procédure prévue par l'article L. 612-3 du code de commerce.
Les travaux de commissariat aux comptes sont rémunérés en application des dispositions du titre V du décret n° 69-810 du 12 août 1969, relatif à l'organisation de la profession et au statut professionnel des commissaires aux comptes.
Lorsque le commissariat aux comptes d'une coopérative agricole est exercé par une fédération de coopératives, le directeur délégué de l'association nationale de révision de la coopération agricole est saisi, en cas de désaccord entre le commissaire aux comptes et les dirigeants de la coopérative sur la rémunération telle qu'elle résulte des dispositions du titre V du décret du 12 août 1969 précité. Il rend sa décision dans les quinze jours de la demande. Cette décision peut faire l'objet d'un recours devant le conseil d'arbitrage et de discipline de l'association nationale de révision de la coopération agricole.