Le Fonds national d'aide à la gestion de l'emploi est géré par un comité de gestion de dix membres composé :
- du président de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture, président ;
- et de neuf membres élus, parmi eux, par les présidents des organismes adhérents.
Ces neuf membres sont élus à la majorité absolue au premier tour de scrutin et à la majorité relative, au second tour. Il est procédé à ces élections, à chaque renouvellement général des chambres d'agriculture ; les membres du comité de gestion du fonds restent en fonction jusqu'à l'élection de leurs successeurs.
Le ministre de l'agriculture peut assister ou se faire représenter aux réunions du comité de gestion.
Le président de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture peut se faire représenter par un membre de l'assemblée permanente pour convoquer et présider le comité de gestion.