La gestion administrative, financière et comptable du fonds donne lieu à une convention conclue entre le fonds et la Caisse nationale d'assurance vieillesse des travailleurs salariés. Cette convention, approuvée par les ministres chargés du travail, de la sécurité sociale et du budget, précise la nature des tâches réalisées pour le compte du fonds ainsi que les modalités de remboursement des frais correspondants, qui sont imputés pour leur montant global sur les dépenses mentionnées au 5° de l'article L. 4162-18 du code du travail.
Ces frais sont fixés par la convention mentionnée à l'article L. 227-1 du code de la sécurité sociale conclue entre l'Etat et la Caisse nationale d'assurance vieillesse des travailleurs salariés.