Des recommandations peuvent être formulées par le médecin habilité ou l'organisme agréé à l'issue de chaque évaluation et porter notamment sur le suivi d'actions de formation médicale continue. Ces recommandations sont communiquées par écrit au médecin évalué qui peut, dans le délai d'un mois, produire des observations en réponse. A l'issue de ce délai, le médecin habilité ou l'organisme agréé communique ces recommandations accompagnées, éventuellement, des observations en réponse au conseil régional de la formation médicale continue.
Dès lors que le médecin a satisfait à ces recommandations, l'organisme agréé ou le médecin habilité en informe le conseil régional de la formation médicale continue.
Pour l'exercice de leur mission, les médecins habilités ou organismes agréés peuvent, avec l'autorisation du médecin, demander communication au conseil régional de la formation médicale continue des certificats d'évaluation en sa possession assortis, le cas échéant, des recommandations élaborées par l'organisme agréé ou le médecin habilité.
Lorsque, au cours de l'évaluation, sont constatés des faits ou manquements mettant en jeu la sécurité des patients, l'organisme agréé le signale au médecin concerné, qui peut formuler ses observations. Il propose au médecin concerné les mesures correctrices à mettre en oeuvre et en assure le suivi. En cas de rejet par le médecin concerné de ces mesures ou si le suivi fait apparaître la persistance des faits ou manquements de même nature, l'organisme agréé transmet immédiatement un constat circonstancié au conseil régional de l'ordre des médecins. Le conseil régional de l'ordre sollicite un avis, selon le cas, de l'union régionale des médecins libéraux, de la commission médicale d'établissement, de la commission médicale ou de la conférence médicale concernée. Faute de réponse de ces instances dans les quinze jours à compter de leur saisine, leur avis est réputé rendu.