Les associations syndicales peuvent, avec l'autorisation du préfet, contracter des emprunts en vue d'assurer l'exécution des travaux qui font l'objet de prêts et de subventions.
Dans les départements où le conseil général a refusé d'instituer une caisse départementale, l'avance des annuités de remboursement de ces emprunts constitue une dépense obligatoire pour le département en cas de défaillance des associations syndicales emprunteuses. Dans ces départements l'arrêté préfectoral autorisant l'emprunt détermine les conditions dans lesquelles s'effectuent la surveillance, le contrôle des travaux, ainsi que leur entretien.