Le comité est saisi par le préfet de la région parisienne. Les conditions de fonctionnement du comité d'aménagement de la région parisienne sont déterminées par un arrêté conjoint du ministre chargé de l'urbanisme et du ministre de l'intérieur. Cet arrêté peut diviser le comité en plusieurs sections et instituer dans son sein une commission permanente. Les représentants des différents ministres ou des préfets intéressés ont accès à ces sections ou à la commission permanente avec voix consultative lorsqu'ils ne font pas partie de ces sections ou de cette commission permanente en qualité de membres. Les sections agissent comme organismes d'études. La commission permanente peut recevoir délégation du comité pour émettre des avis au nom du comité. Le ministre chargé de l'urbanisme peut décider que l'avis définitif sera donné par le comité lui-même en séance plénière. Des rapporteurs et conseillers techniques peuvent être nommés auprès du comité et de sa commission permanente par le ministre chargé de l'urbanisme. Le secrétariat du comité est assuré par le service régional chargé de l'urbanisme.