Les frais de contrôle exposés par le ministère chargé des finances et le ministère chargé de la construction et de l'habitation, ainsi que les frais de fonctionnement de la commission d'attribution des prêts, sont arrêtés par les ministres intéressés qui en notifient le montant à la caisse de prêts.
Les sommes ainsi arrêtées sont versées par la caisse de prêts au Trésor public et rattachées au budget des divers ministères par voie de concours.
Les frais d'administration de la caisse de prêts sont arrêtés pour chaque année avant le 30 juin de l'année suivante par le conseil d'administration. A cet effet, la caisse des dépôts et consignations notifie à la caisse de prêts le montant des frais exposés pour la gestion de l'établissement. Les frais d'administration sont versés, dès leur arrêté, par le conseil d'administration de la caisse de prêts à la caisse des dépôts et consignations. Toutefois, la caisse de prêts peut verser à cette dernière , en cours d'année, des acomptes dans la limite des trois quarts des frais de l'année précédente.