Le non-respect par l'exploitant d'une des obligations imposées à l'article R. 232-12 est constaté par les agents mentionnés à l'article L. 437-1 ou par les agents des services vétérinaires. Ces agents en font rapport dans les trois jours au directeur départemental de l'agriculture et de la forêt, lequel fait procéder sans délai à une enquête à laquelle l'exploitant ou son représentant est invité à participer.
Sans préjudice des mesures d'urgence, le préfet peut, au vu des conclusions de l'enquête et aprés avoir invité l'exploitant à présenter ses observations dans le délai d'un mois, prononcer le retrait de l'agrément. Cette décision est publiée au Recueil des actes administratifs du département.