En cas de désaccord d'un ou plusieurs propriétaires ou titulaires de droits réels, le conseil régional se prononce par délibération sur le projet, éventuellement modifié pour tenir compte des résultats de l'enquête publique et des consultations. La délibération fixe les limites de la réserve, les actions, activités, travaux, constructions, installations et modes d'occupation du sol mentionnés au II de l'article L. 332-3 qui y sont réglementés ou interdits, la durée du classement ainsi que les modalités de gestion de la réserve et de contrôle des prescriptions qu'elle prévoit.
Le président du conseil régional adresse le dossier, accompagné de cette délibération et des avis formulés au cours de l'instruction, au préfet qui le transmet au ministre chargé de la protection de la nature. Ce dernier soumet au Conseil d'Etat un projet de décret de classement accompagné de la délibération du conseil régional ainsi que de l'ensemble du dossier et communique ce projet pour information au président du conseil régional.