Les membres du Conseil national de la protection de la nature perçoivent une indemnité d'exercice, liée à leur présence aux séances du conseil, aux réunions des commissions auxquelles ils appartiennent et aux missions qu'ils exercent par délégation du conseil.

L'indemnité versée est calculée au prorata de la présence ou de l'activité du membre, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature.

Les personnes invitées à participer aux séances du Conseil national de protection de la nature ne peuvent prétendre à aucune indemnité. Il en est de même des suppléants qui assistent à une séance du conseil si le titulaire y est présent.

Les frais de déplacements des membres du conseil et des personnes invitées sont remboursés dans les conditions applicables aux fonctionnaires de l'Etat.