Le dossier est soumis sans délai avec un rapport justificatif à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci invite le préfet à procéder à l'instruction dans les formes prévues par l'article R. 122-9, sans consultation de la commission nautique locale ni ouverture d'une instruction mixte.
Si la circonscription du port autonome à créer englobe un ou plusieurs ports, le conseil portuaire de ces ports est consulté.
Les collectivités publiques intéressées à consulter sont les régions, les départements, les communes et les établissements de coopération intercommunale compétents en matière d'aménagement de l'espace sur le territoire desquels s'étend la circonscription du port autonome.
Le préfet adresse, dans le délai maximum de quinze jours après clôture de l'instruction, son rapport avec le dossier au ministre chargé des ports maritimes et au préfet de région.