Les membres de la commission permanente d'enquête sont nommés pour cinq ans par un arrêté du préfet du département sur le territoire duquel sont situées les principales installations du port.
En cas de décès ou de démission de l'un des membres un remplaçant est nommé pour la durée du mandat restant à courir.
La première séance de la commission a lieu sur convocation du directeur du port autonome. Dès le début de cette séance, la commission élit son président.
Les séances suivantes ont lieu sur convocation du président, éventuellement à la demande du directeur du port. Ce dernier ou son représentant assiste de droit aux séances de la commission.
La commission permanente d'enquête ne peut délibérer valablement que si les deux tiers au moins de ses membres sont présents ou représentés. Les délibérations sont prises à la majorité des voix. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Les fonctions de membre de la commission permanente d'enquête sont gratuites.