Lorsque, le long d'une voie ou d'un plan d'eau confié à Voies navigables de France, l'ouvrage est implanté sur une partie du domaine public fluvial remise en gestion par l'Etat à un autre établissement public national, la taxe ne comprend que l'élément prévu par le 2° de l'article L. 4316-4. Les redevances domaniales restent dues à l'établissement public gestionnaire.
Les dispositions des 2° et 3° de l'article L. 4316-5 ainsi que celles des articles L. 4316-6 et L. 4316-7 sont applicables aux titulaires de ces ouvrages.