La cotisation de chaque entreprise affiliée est déterminée par un pourcentage du montant des salaires payés aux travailleurs déclarés. Ce pourcentage est fixé par le conseil d'administration de la caisse et, si le règlement intérieur de la caisse le prévoit, des salaires qu'ils auraient perçus s'ils avaient travaillé pendant les périodes mentionnées au 5° et 7° de l'article L. 3141-5 du code du travail.
Le règlement intérieur de celle-ci précise les périodes et les modes de versement des cotisations, les justifications dont ce versement doit être accompagné ainsi que les vérifications auxquelles doivent se soumettre les adhérents.