En cas d'absence, le directeur est remplacé dans ses fonctions par un cadre supérieur de l'établissement portuaire désigné à l'avance par le ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration.
Au cas où l'absence se prolongerait, un directeur intérimaire pourrait être désigné par décret pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes soit sur l'initiative de ce dernier après avis du conseil d'administration, soit sur l'initiative du conseil d'administration lui-même.