Le directeur général de l'établissement est nommé par décret, sur proposition du ministre chargé de l'outre-mer, pour une période maximale de trois ans, renouvelable une fois. Il dirige l'établissement et veille à la mise en œuvre des délibérations du conseil d'administration et à la coordination de son action avec les autres organismes nationaux et locaux intervenant dans les mêmes domaines d'activité.
Il représente l'établissement dans ses relations avec l'Etat et signe le contrat triennal mentionné à l'article R. 1803-20, après autorisation du conseil d'administration.
Le directeur général est chargé de la mise en œuvre du contrat de performance triennal et, dans ce cadre, de la politique de l'établissement.
Le directeur général est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.
Il reçoit chaque année une lettre de mission des ministres de tutelle.
Il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'Agence.
Il assure la direction administrative et financière de l'établissement et est notamment chargé de :
1° Préparer les délibérations du conseil d'administration et en assurer l'exécution ;
2° Préparer et exécuter le budget de l'établissement et veiller, en sa qualité d'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement, au respect de l'équilibre financier ;
3° Assurer la direction des services de l'établissement ;
4° Recruter et gérer les personnels de l'Agence placés sous son autorité, selon leurs statuts respectifs ;
5° Représenter l'établissement dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers, notamment pour la passation de tous actes et contrats et tous marchés de travaux, de fournitures ou de services ;
6° Agir en justice, sous réserve des habilitations nécessaires.
Le directeur général est assisté d'un secrétaire général qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Le directeur général peut déléguer, sous sa responsabilité, sa signature au secrétaire général et aux personnes placées sous son autorité, dans les conditions et limites déterminées par le règlement intérieur prévu à l'article R. 1803-25.