La commission est saisie par un rapport émanant de l'autorité ayant pouvoir de nomination du fonctionnaire ou de l'autorité ayant recruté l'agent contractuel, établi au vu du résultat de l'enquête mentionnée au IV de l'article L. 114-1.
Ce rapport contient les motifs d'incompatibilité avec les fonctions exercées résultant de l'enquête ainsi que la proposition motivée de l'autorité mentionnée à l'alinéa précédent. Lorsqu'elle propose une radiation des cadres ou un licenciement, elle justifie de l'impossibilité de mettre en œuvre une autre mesure ou de l'incompatibilité du comportement de l'agent avec l'exercice de toute autre fonction eu égard à la menace grave qu'il fait peser sur la sécurité publique. Le rapport, qui est accompagné de tous éléments au soutien de cette proposition sans pouvoir contenir des actes ou des documents faisant l'objet d'une classification au titre du secret de la défense nationale, est communiqué à l'agent en cause par tout moyen permettant d'en établir la date de réception. Cette communication l'informe de la possibilité de consulter son dossier administratif, en présence éventuelle de son ou ses défenseurs.
L'agent peut adresser à la commission des observations écrites, dans un délai de quinze jours à compter de la réception de ces documents. Ce délai peut être prolongé, à la demande de l'agent ou de son ou ses défenseurs, dans la limite de quinze jours supplémentaires.

Pour chaque affaire, le président de la commission désigne un rapporteur, choisi parmi les magistrats de l'ordre administratif ou judiciaire et les fonctionnaires de l'Etat de catégorie A.