Le Centre national de la fonction publique territoriale est dirigé par un conseil d'administration paritairement composé de représentants des collectivités territoriales et de représentants des organisations syndicales de fonctionnaires territoriaux.
Le nombre des membres du conseil d'administration est de trente-quatre.
Les représentants des collectivités territoriales sont respectivement élus par des collèges de représentants des maires, des présidents de conseil départemental et des présidents de conseil régional parmi les élus locaux siégeant aux conseils d'orientation mentionnés à l'article L. 451-13. Le Centre national de la fonction publique territoriale assure l'organisation matérielle des élections des représentants des collectivités territoriales.
Les sièges attribués aux organisations syndicales sont répartis entre elles, par arrêté du président du Centre national de la fonction publique territoriale, proportionnellement au nombre des voix obtenues aux élections organisées pour la désignation des représentants du personnel aux comités sociaux territoriaux.
Le conseil d'administration élit son président en son sein parmi les représentants des collectivités territoriales. Le président est assisté de deux vice-présidents élus l'un, parmi les représentants des collectivités territoriales, l'autre, parmi les représentants des organisations syndicales de fonctionnaires territoriaux.
Sous sa surveillance et sa responsabilité, le président peut déléguer une partie de ses attributions à un vice-président ou à un membre du conseil d'administration.