L'agrément des aumôniers est délivré par le directeur interrégional des services pénitentiaires après avis du préfet du département dans lequel se situe l'établissement visité, sur proposition de l'aumônier national du culte concerné.

Lorsque la demande d'agrément porte sur des établissements pénitentiaires situés dans plusieurs départements, le préfet de région exerce la compétence dévolue au préfet de département en application des dispositions de l'alinéa précédent.
En vue de leur permettre d'assurer les missions qui leur sont confiées, une indemnité forfaitaire peut être allouée aux aumôniers agréés.

Un aumônier agréé depuis le 1er octobre 2017 ne peut bénéficier du versement d'une indemnité sur la base de vacations horaires que s'il est titulaire de l'un des diplômes de formation civile et civique figurant sur une liste déterminée selon des modalités fixées par arrêté conjoint du ministre de l'intérieur, du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de l'outre-mer.

Toutefois, un aumônier agréé depuis la même date peut bénéficier du versement de telles indemnités s'il n'est pas titulaire de l'un des diplômes précités dès lors qu'il s'engage à le devenir au cours des deux années qui suivent la décision l'agréant. Au terme de ces deux années, l'indemnité cesse d'être versée si l'aumônier n'a pas obtenu l'un de ces diplômes.
L'indemnité prévue par les dispositions du présent article n'est cumulable avec aucune autre rémunération publique versée au même titre. Un arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget fixe son montant annuel.

Lorsque son titulaire atteint l'âge de soixante-quinze ans, l'agrément est retiré par le directeur interrégional des services pénitentiaires.