Lorsque le conseil interacadémique d'Ile-de-France exerce les compétences énumérées aux articles 2 et 5 de la loi n° 85-1469 du 31 décembre 1985 susvisée, il est présidé par le recteur de l'académie de Paris. Toutefois, lorsque les questions soumises à délibération concernent exclusivement soit l'académie de Versailles, soit l'académie de Créteil, il est présidé par le recteur de l'académie concernée.