La demande d'agrément est adressée au ministre de l'agriculture. Elle mentionne le ou les produits et le ou les types de certification pour lesquels l'agrément est sollicité. Elle indique le nom permettant d'identifier, sur les étiquettes des produits certifiés, l'organisme certificateur, ainsi que, le cas échéant, la marque collective ou le signe distinct matérialisant la certification.
La composition du dossier de la demande est fixée par un arrêté conjoint du ministre de l'agriculture et du ministre chargé de la consommation. Le dossier, qui doit permettre de vérifier que l'organisme certificateur répond aux exigences du présent décret et qu'il a la capacité technique requise pour assurer la certification du produit, comprend notamment, outre les statuts et le règlement intérieur, les documents et informations relatifs à l'organisation et au fonctionnement de la cellule responsable, au sein de l'organisme, de la certification et du contrôle du produit, aux procédures de certification et de contrôle mises en oeuvre, aux sanctions applicables aux bénéficiaires de la certification, en particulier en cas de non-respect des cahiers des charges, ainsi que les moyens techniques et humains affectés au contrôle tant du produit que des processus de production et de transformation.