Les taux moyens annuels de l'indemnité spéciale de fonctions sont fixés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la fonction publique et du budget.
Le montant de l'indemnité effectivement perçu par un agent au titre d'une année déterminée ne peut excéder le double du taux moyen annuel. Ce montant est déterminé, d'une part, en fonction des contraintes liées au service d'affectation et au niveau de responsabilité et, d'autre part, en fonction de la manière de servir.