Le Conseil national de l'éducation populaire et de la jeunesse siégeant en assemblée plénière ou en commission se réunit sur convocation de son président ou à la demande d'au moins un quart de ses membres.
Le conseil national adopte un règlement intérieur qui prévoit notamment les modalités de constitution du bureau, les modalités de désignation des membres des commissions d'agrément et d'habilitation et les modalités de création d'autres commissions.
Le secrétariat du conseil national est assuré par la direction de la jeunesse et de l'éducation populaire.