L'ordre du jour est fixé par le président. Toutefois, toute question relevant de la compétence de la commission administrative paritaire peut être inscrite à l'ordre du jour à la demande écrite du tiers des membres titulaires de la commission administrative paritaire considérée.
L'ordre du jour comprend également, le cas échéant, les questions relevant de la compétence de la commission dont l'examen a été demandé par l'agent intéressé dans les cas prévus par un texte prévoyant une saisine directe de la commission, et notamment par les articles 41 (7°), 46, 65 et 87 du titre IV du statut général des fonctionnaires ; dans ce cas, les questions sont inscrites au plus tard à l'ordre du jour de la deuxième réunion suivant la date à laquelle l'examen a été demandé.