Le contrôle des établissements agréés, notamment en ce qui concerne le respect du cahier des charges, la pérennité des moyens dont il a été fait état lors de la demande d'agrément et le bon déroulement des formations est assuré par les fonctionnaires habilités par le préfet de région à ce effet. Ce contrôle est étendu, le cas échéant, aux organismes de formation ou aux établissements d'enseignement de la conduite des véhicules à moteur avec lesquels l'établissement agréé a conclu les contrats ou conventions visés au I de l'article 11.
En cas de déficience d'un établissement agréé ou de l'un des organismes avec lesquels l'établissement agréé a conclu les contrats ou conventions visés au I de l'article 11, en termes de moyens ou de mise en oeuvre des formations considérées, en cas d'agissement répréhensible ou de cessation d'activité, l'agrément peut être suspendu ou retiré par le préfet de région, par une décision motivée et à l'issue d'une procédure contradictoire.