En usine exercée de raffinage, une comptabilité matières mensuelle tenue par le titulaire de l'établissement doit retracer, pour chaque biocarburant, les quantités incorporées et reprises sur les certificats de mise à la consommation de biocarburant et les certificats d'acquisition délivrés durant le mois considéré.

Sauf en cas de ségrégation physique des stocks, les exportations, les expéditions intracommunautaires, les livraisons à l'avitaillement des bateaux et des aéronefs de carburant ainsi que les sorties en suite de manipulations à l'issue desquelles le produit obtenu n'est plus un carburant sont réputées contenir la mise à la consommation de biocarburant telle qu'elle résulte du rapport entre les quantités de biocarburant incorporées et les quantités de carburant produites durant le mois dans l'usine exercée. Ces sorties de carburant ne donnent lieu à l'émission d'aucun certificat.

La comptabilité matières est transmise au service des douanes contrôlant l'établissement, au plus tard le quinzième jour suivant le mois auquel elle se rapporte, accompagnée des certificats de mise à la consommation de biocarburant et des certificats d'acquisition émis au titre du mois considéré. Ces différents documents sont visés par le service des douanes.