Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui arrête l'ordre du jour. Il est également convoqué par son président à la demande de l'un des ministres chargés de la tutelle ou de la majorité de ses membres.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par le directeur général de l'établissement. Le conseil d'administration élit alors en son sein un président de séance parmi les personnalités qualifiées.
Chaque membre peut donner mandat, par écrit, à un autre membre de le représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat. Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres ou de leurs représentants ou suppléants sont présents.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur général de l'établissement, le secrétaire général, le directeur de l'aquarium, le responsable des collections et des activités scientifiques de la Cité nationale de l'histoire de l'immigration, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent au conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut, en outre, appeler à participer aux séances avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile.