Un comité directeur de l'opérateur national de paye dont la composition est fixée par arrêté des deux ministres, valide les spécifications et les référentiels communs auxquels doivent se conformer les systèmes d'information des ressources humaines de l'Etat et les décisions relatives à la conception et à la mise en oeuvre des systèmes d'information mentionnés à l'article 4. Il approuve le programme d'activité du service et les indicateurs de coût et de qualité qui sont associés à ses différentes activités. Il en suit l'exécution.
Le comité directeur est convoqué au moins une fois par trimestre par le directeur du service.