L'établissement est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements autonomes de l'Etat.
Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre de l'économie et des finances, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté conjoint du ministre de l'économie et des finances et du ministre de l'agriculture.