La prime d'encadrement doctoral et de recherche est attribuée par le président ou le directeur d'établissement après avis du conseil scientifique ou de l'organe en tenant lieu pour une durée de quatre ans. Pour pouvoir bénéficier de cette prime, les personnels concernés doivent souscrire l'engagement d'effectuer, en plus de leurs obligations statutaires, une activité spécifique en matière de formation à la recherche et par la recherche pendant quatre ans.

Le conseil d'administration siégeant en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et aux personnels assimilés fixe les modalités et les conditions liées aux obligations de service pour l'attribution de la prime ainsi que les critères scientifiques selon lesquels les candidatures sont évaluées. Ces critères sont rendus publics.

Les procédures d'évaluation sont transmises à l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.

Le conseil d'administration siégeant en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et aux personnels assimilés fixe également les conditions de maintien de la prime à certains bénéficiaires ainsi que les conditions dans lesquelles il peut être mis fin, à titre exceptionnel, à l'engagement souscrit par le bénéficiaire de la prime avant l'expiration de la période de quatre ans. Dans ce cas, la prime d'encadrement doctoral et de recherche ne peut être perçue pour le semestre pendant lequel l'engagement a pris fin.