Les mesures mentionnées au premier alinéa de l'article 1er sont prises par le préfet de région, même lorsque la procédure d'autorisation des aménagements, ouvrages ou travaux relève exclusivement de la compétence d'un ministre.
Toutefois, lorsque ces aménagements, ouvrages ou travaux affectent ou sont susceptibles d'affecter des biens culturels maritimes, le ministre chargé de la culture exerce les compétences dévolues au préfet de région par le présent décret. Il est saisi du dossier par le maître d'ouvrage. La commission consultative compétente est le Conseil national de la recherche archéologique prévu au titre Ier du décret du 27 mai 1994 susvisé.