Le directeur de l'agence de santé, nommé par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'outre-mer, est un fonctionnaire ou un praticien hospitalier régi par le décret du 24 février 1984 susvisé, détaché auprès de l'agence à cet effet.
Le directeur bénéficie d'un logement de fonction au titre de la nécessité absolue de service et de la prise en charge des frais d'eau et d'électricité de ce logement. La fourniture du mobilier s'effectue selon la réglementation applicable à l'ameublement des magistrats et des fonctionnaires de l'Etat en service dans les territoires d'outre-mer.
En matière de séjour et congés, déplacements et indemnité d'éloignement, les réglementations en vigueur pour les fonctionnaires de l'Etat affectés à Wallis-et-Futuna sont applicables au directeur de l'agence de santé.
Le contrat qui fixe les conditions de rémunération et la situation administrative du directeur de l'agence de santé est approuvé par les ministres chargés de la santé et de l'outre-mer.