Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est régi par les décrets susvisés du 9 août 1953 modifié et du 29 décembre 1962 en ce qui concerne les établissement publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable.
Un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre de la défense précise les modalités de ce fonctionnement.
Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées conformément au décret du 20 juillet 1992 susvisé.
Le contrôle de la gestion financière de l'établissement est exercé conformément aux décrets du 26 mai 1955 et du 8 juillet 1999 susvisés sous l'autorité du ministre chargé de l'économie, par un membre du corps du contrôle général économique et financier. Un arrêté du ministre chargé de l'économie, des finances et du budget précise les modalités de ce contrôle.