L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de douze membres, dont :

1° Cinq membres de droit représentant l'Etat :

a) Le directeur général de l'Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information ou son représentant ;

b) Le directeur des transports ferroviaires et fluviaux et des ports ou son représentant ;

c) Le directeur du budget ou son représentant ;

d) Le directeur général de la sécurité civile et de la gestion des crises ou son représentant ;

e) Le directeur général du travail ou son représentant ;

2° Un représentant de l'Etat choisi parmi les agents exerçant des fonctions d'inspection générale au sein de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable ;

3° Un député et un sénateur, désignés respectivement par le président de l'Assemblée nationale et par le président du Sénat ;

4° Deux personnalités choisies en raison de leur connaissance du système ferroviaire ;

5° Deux représentants du personnel élus selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'établissement, pour une durée de trois ans.

Les membres mentionnés au 2° et au 4° sont nommés par le ministre chargé des transports pour une durée de trois ans. Les membres mentionnés au 3° restent en fonctions jusqu'au terme de leur mandat parlementaire.