Les opérations sont décrites en comptabilité selon les prescriptions du plan comptable général, compte tenu des instructions données à cet effet par le membre du corps du contrôle général économique et financier. Chaque convention fait l'objet d'une comptabilité distincte.
Les opérations de compensation et de péréquation de prix sont suivies distinctement.
Les opérations se rapportant à chaque convention sont vérifiées chaque année sur place par une commission présidée par un magistrat de la cour des comptes et dont la composition est fixée par arrêté concerté du ministre des finances et du ministre chargé des affaires économiques.
Cette commission dispose des pouvoirs d'investigation les plus étendus, notamment sur tous les registres et documents de toute nature de l'entreprise. Elle établit annuellement un rapport transmis aux ministres intéressés ainsi qu'aux commissions des finances de l'Assemblée nationale et du Sénat.