L'établissement est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements autonomes de l'Etat.
Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre des finances et des affaires économiques, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté conjoint du ministre des finances et des affaires économiques et du ministre chargé de la protection de la nature et de l'environnement.