Le conseil d'administration comprend quarante membres :
a) Dix membres de droit :
- six représentants de l'Etat désignés par le ministre de l'agriculture ;
- trois représentants des collectivités territoriales sur le territoire desquelles est situé l'établissement, désignés respectivement par le conseil régional, le conseil général et le conseil municipal de la commune d'implantation, ou l'assemblée délibérante de l'établissement public de coopération intercommunale compétent ;
- le président de l'association des anciens élèves ou son représentant.
b) Dix personnalités, désignées par le ministre de l'agriculture, représentatives des professions et activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement.
c) Vingt membres élus :
- quatre représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent ;
- quatre représentants des maîtres de conférences et des autres enseignants ;
- six représentants des élèves ;
- six représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité mixte de recherche à laquelle l'établissement participe.
Un arrêté du ministre de l'agriculture fixe les conditions dans lesquelles sont élus les membres énumérés au c.
Les membres du conseil d'administration décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, n'occupent plus les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés doivent être remplacés. Les nouveaux membres sont désignés pour la durée du mandat restant à courir des membres qu'ils remplacent.
Le directeur de l'école assiste de droit aux séances du conseil d'administration. Il peut se faire accompagner par ceux de ses collaborateurs dont il estime la présence utile compte tenu de l'ordre du jour de la réunion.
L'agent comptable assiste avec voix consultative aux délibérations du conseil d'administration et, le cas échéant, de la commission permanente. En cas d'empêchement, il s'y fait représenter.