Un agent comptable, nommé par arrêté du ministre du budget, tient la comptabilité du service de la liquidation selon un plan comptable adapté à celui du fonds spécial de grands travaux. Il est comptable assignataire des opérations de la liquidation.
Outre le compte de clôture de l'établissement public au 31 décembre 1987, l'agent comptable établit annuellement les comptes du service de liquidation ainsi que son compte de clôture au 31 décembre 1989.