Un arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale fixe la part des ressources du fonds respectivement consacrée au financement des actions nationales et interrégionales, d'une part, des actions régionales, d'autre part, cette seconde part ne pouvant excéder 80 % des ressources du fonds.
Le montant des ressources affectées à chaque région est fixé par le comité national de gestion en fonction notamment de la répartition de la population par région suivant les derniers chiffres établis par l'Institut national de la statistique et des études économiques.