L'autorité chargée du contrôle financier est placée, soit auprès d'une autorité administrative centrale, soit auprès d'une autorité administrative déconcentrée, soit auprès d'un service à compétence nationale, soit auprès d'une autorité administrative indépendante, sauf disposition statutaire dispensant cette dernière d'un tel contrôle. A l'étranger, le contrôle financier ne s'applique qu'aux dépenses assignées sur la caisse d'un comptable secondaire du Trésor.
L'autorité chargée du contrôle financier auprès des services centraux des ministères, des services à compétence nationale et des autorités administratives indépendantes est désignée par le ministre chargé du budget et placée sous son autorité.