Le président du conseil dirige l'agence.

Il veille à l'impartialité, à la fiabilité et à la transparence des évaluations.

Il signe les avis, les rapports d'évaluation et les rapports de synthèse, contresignés pour chaque section par le directeur concerné.

Il a autorité sur les personnels de l'agence.

Il nomme le secrétaire général chargé de l'organisation administrative et du fonctionnement de l'agence.

Il est ordonnateur des recettes et des dépenses.

Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées auprès de l'agence par décision du président, dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Sans préjudice du contrôle exercé par la Cour des comptes, dans les conditions prévues par le code des juridictions financières, l'agence n'est pas soumise au contrôle financier prévu au décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le président peut déléguer sa signature au secrétaire général, aux directeurs de section, pour les affaires relevant de leur compétence, ainsi qu'aux agents placés sous son autorité, pour tous les actes relatifs au fonctionnement de l'agence et à l'exercice de leurs missions.

En cas d'empêchement du président ou de vacance de son emploi, le conseil est présidé par son doyen d'âge et le secrétaire général assure l'intérim des autres fonctions du président.