Les membres du Conseil perçoivent une indemnité représentative de frais dont l'utilisation doit être en lien avec l'exercice du mandat. Celle-ci est égale au dixième de l'indemnité parlementaire pour les membres résidant dans la région Ile-de-France et au sixième de l'indemnité parlementaire pour les autres membres.
Les groupes disposent d'une dotation du Conseil permettant de financer une administration de groupe, dont le montant est égal aux deux tiers de l'indemnité parlementaire. Le règlement intérieur du Conseil définit les conditions dans lesquelles l'usage de ces fonds est contrôlé.